13 Haziran 2006 tarihinde TBMM Genel Kurulunda yapılan görüşmeler sonucunda, yasa tasarısı yine bazı değişiklikler ve eklemeler yapılarak kabul edilmiştir. Yapılan en son değişiklikler aşağıdaki gibidir.
1. Kontrol Edilen Kurum Kazancı (Madde 7)
Yasa tasarısının 7. Maddesinde, kontrol edilecek yabancı kurum kazancının Türkiye’de vergilendirilmesinden kaçınılmasını önleyecek düzenlemeler yapılmıştır. Bu düzenlemeler çerçevesinde, kurum kazancını kontrol eden mükellefler arasında tam mükellef kurumların yanı sıra gerçek kişi ortakların da olması gerektiği TBMM Genel Kurulunca kabul edilmiştir.
2. Örtülü Sermaye (Madde 7)
Yasa tasarısının 12. Maddesinde, örtülü sermaye şartlarının gerçekleşmesi durumunda, daha önce yapılan vergilendirme işlemlerinin, taraf olan mükellefler nezdinde düzeltilmesi öngörülmüştür. Tam mükellefler nezdinde yapılacak düzeltme kapsamına örtülü sermayeye ilişkin kur farklarının da ilave edilmesi TBMM Genel Kurulunca kabul edilmiştir.
3. Vergi Kesintisi (Madde 15)
Yasa tasarısının 15. Maddesinde, üzerinden kesinti yapılacak kurum kazançları düzenlenmiştir. Söz konusu kurum kazançlarına, her nevi tahvilden elde edilen kazanç kapsamında, ipotek finansmanı kuruluşları tarafından ihraç edilen ipotekli sermaye piyasası araçları, varlık teminatlı menkul kıymetlerden elde edilen kurum kazançlarının da eklenmesi TBMM Genel Kurulunca kabul edilmiştir. Böylece TBMM Plan ve Bütçe Komisyonu tarafından kabul edilen Konut Finansmanına ilişkin Çeşitli Kanunlarda Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun Tasarısına uyumlu bir düzenleme yapılmıştır.
4. Fazla Ödenen Geçici Verginin Mahsubu (Geçici Madde 1)
Yasa tasarısında, Kurumlar Vergisi oranı, 01.01.2006 tarihinden itibaren başlayan vergilendirme dönemine uygulanmak üzere % 20 olarak belirlenmiştir. Buna göre, aynı tarihte başlayan geçici vergi dönemlerinde de geçici vergi oranının % 20 olarak uygulanması ve bu yasanın yayımı tarihine kadar olan dönemler için % 30 oranından hesaplanan ve fazladan ödenen geçici verginin müteakip dönemlerde hesaplanan geçici vergiden mahsup edilmesine ilişkin ek düzenlemeler TBMM Genel Kurulunca kabul edilmiştir.
5. Yürürlük Tarihleri (Madde 37)
Yasa tasarısının, muafiyet, istisna ve indirimlerin sınırına ilişkin 35. Maddesinin yürürlük tarihi 01.01.2007 olarak TBMM Genel Kurulunca kabul edilmiştir.